Matija Chlupacek studierte Blockflöte bei Maurice van Lieshout (Hochschule für Musik und Theater München) und bei Dorothee Oberlinger an der Universität Mozarteum Salzburg, wo er 2025 sein Masterstudium mit Auszeichnung abschloss.
 
Der aus einer deutsch-slowenischen Familie stammende Musiker entwickelte sich künstlerisch schon während der Schulzeit weiter – regelmäßig bei den Meisterklassen von Maurice Steger in Solothurn und der Menuhin Baroque Academy in Gstaad, im Kreis renommierter Dozent:innen der Alten Musik wie Reinhard Goebel, Hille Perl und Diego Ares. Noch vor Studienbeginn wurde er mehrfach als Preisträger überregionaler Musikwettbewerbe ausgezeichnet.
 
Er ist Mitgründer des Alte-Musik-Ensembles Stereotype Baroque (seit 2022) und von Ensemble Interchange, Gewinner und Stipendiat des Deutschen Musikwettbewerbs. Das Ensemble gastiert in namhaften Konzertreihen deutschlandweit, u. a. bei den Thüringer Bachwochen, den Musikfestspielen Potsdam Sanssouci und dem Format „Konzerte junger Künstler:innen“ in der NDR-Radiophilharmonie. Im April 2025 führte eine Einladung des Goethe-Instituts Quito die Musiker:innen auf seine erste Gastspielreise durch Ecuador.
 
Neben kammermusikalischen Projekten trat Matija Chlupacek in den letzten Jahren auch bei Opernproduktionen und kulturellen Großveranstaltungen auf – u. a. am Staatstheater Saarbrücken, bei den Audi-Sommerkonzerten in Ingolstadt, am Gärtnerplatztheater München und am Staatstheater Nürnberg. 2023 übernahm er die musikalische Leitung der Musiktheater-Produktion „Hamlet“ des Mozarteum Salzburg; 2025 kuratierte er gemeinsam mit Matthijs Lunenburg und dem Countertenor Franz Vitzthum das Programm des Abschlusskonzerts der Münchner Residenzwoche. Sein Debüt als Darsteller (mit Blockflöte) gab er in einer Nebenrolle bei Edgar Reitz’ Filmproduktion „Leibniz – Chronik eines verschollenen Bildes“ mit Filmmusik von Henrik Ajax (Premiere 2025).
 
2026 war er Stipendiat der concerto21-Akademie, 2027 wirkt Matija Chlupacek als Kurator für Alte Musik im Haus Styriarte. Sowohl in der historischen Aufführungspraxis als auch in zeitgenössischen Ausdrucksformen zuhause, arbeitet er regelmäßig mit Komponist:innen zusammen, um das Repertoire für sein Instrument weiterzuentwickeln.